Faute impardonnable de l’Église romaine pour les disciples de Mgr Lefèbvre, ce mouvement de rapprochement entre catholiques, protestants, orthodoxes et anglicans est lu par le Concile Vatican II comme un « signe des temps » (Mt 16,3) dû au travail de l’Esprit-Saint. Lui consacrant toute une encyclique (Ut unum sint, datée du 25 mai 1995), Jean-Paul II reconnaît l’engagement œcuménique comme un impératif de la conscience chrétienne éclairée par la foi et guidée par la charité. Cet engagement œcuménique doit être fondé sur la conversion des cœurs et sur la prière, qui conduiront aussi à la nécessaire purification de la mémoire historique.